Armleuchteralgen (Characeen) sind eine Gruppe der Unterwasserpflanzen, die bei nicht gestörten Standortbedingungen großflächige Unterwasserrasen ausbilden, die große Teile des Seebodens bedecken. Sie kommen auch als Beimengung von Röhricht- oder Schwimmblattgesellschaften vor. In Deutschland haben sie ihren Verbreitungsschwerpunkt in den glazial entstandenen oligotrophen bis mesotrophen Seen Brandenburgs, Mecklenburg-Vorpommerns, Schleswig-Holsteins und des Alpenvorlands, sogenannten Klarwasserseen. Die meisten Characeen-Arten sind nur bei nährstoffarmen Verhältnissen konkurrenzkräftig und gelten wegen der generellen Eutrophierungstendenz in vielen Seen schon seit langem als gefährdet. „Oligo- bis mesotrophe kalkhaltige Stillgewässer mit benthischer Armleuchteralgen-Vegetation (Characeae)“ wurden deshalb auch in die Liste der Lebensraumtypen nach Anhang I FFH-Richtlinie aufgenommen. Da seit den 1990er Jahren durch verschiedene Maßnahmen/Entwicklungen in vielen Seen eine Verringerung der Nährstoffbelastung und sogenannte Re-Oligotrophierung eingetreten ist, die zu einer Verbesserung der Wasserqualität geführt hat, war damit gerechnet worden, dass sich die Characeen-Bestände stabilisieren würden. Seit ca. 15 Jahren ist aber, trotz naturschutzrechtlicher Sicherung vieler Seen, ein weiterer deutlicher Rückgang der Characeenbestände zu beobachten. 

Mit dem E+E-Vorhabens sollen daher geeignete Maßnahmen entwickelt und erprobt werden, die den Rückgang der Characeenrasen effizient stoppen bzw. langfristig umkehren können. Hieraus sollen belastbare Empfehlungen für eine möglichst breite Umsetzung abgeleitet werden. Als Grundlage für die praktische Erprobung waren zunächst Voruntersuchungen erforderlich, um an ausgewählten Seen die konkreten Ursachen für den anhaltenden Rückgang zu ermitteln und die Realisierungsmöglichkeiten entsprechender Maßnahmen abschätzen zu können.

Im Hauptvorhaben werden unter Einbeziehung der Nutzer und Eigentümer an 31 Seen die in der Voruntersuchung entwickelten Maßnahmenvorschläge erprobt und Konzepte für den Characeen-Schutz entwickelt.

In der wissenschaftlichen Begleituntersuchung soll ermittelt werden, wie sich die Maßnahmen auswirken und ob und welche Characeen-Gemeinschaften sich wieder ansiedeln bzw. ausbreiten. Untersucht werden dazu die Parameter Abundanz und Artenvielfalt der Characeen, Hydrochemie, Fischbestand, Oosporen-Dichte und -Keimfähigkeit sowie Periphyton-Biomasse. Die Untersuchungen werden parallel auch an morphologisch weitgehend ähnlichen Kontroll-Seen ohne Maßnahme durchgeführt, um abzusichern, dass es sich bei beobachteten Veränderungen tatsächlich um Maßnahmen-Wirkungen und nicht um allgemeine Trends handelt.