Großflächige, in einem Schmelzwasserrinnensystem der letzten Eiszeit entstandene Seen, Wälder sowie Hoch-, Zwischen- und Niedermoorbereiche prägen das Bild der Schaalsee-Landschaft. Die Seen sind zum großen Teil noch nährstoffarm, der Schaalsee selbst zählt zu den größten Klarwasserseen Deutschlands. Seine Seeufer weisen gut ausgebildete Verlandungszonen (Schilfröhrichte, Seggenrieder und Bruchwälder) auf. Die angrenzende, stark bewegte Moränenlandschaft zeichnet sich durch großflächige, naturnahe Waldgebiete, Moore, Grünlandniederungen und alte Weidelandschaften aus. Das Gebiet ist traditioneller Brut- und Rastplatz seltener Sumpf- und Wasservögel wie z.B. Kranich und Fischadler und Lebensraum des Fischotters sowie zahlreicher gefährdeter Pflanzenarten wie Sumpf-Glanzkraut, Floh-Segge, Blumenbinse und verschiedene Knabenkräuter.

Die Seenlandschaft mit dem Schaalsee als Kernstück soll in ihrer großräumigen Komplexität und ihrem naturnahen Zustand erhalten, optimiert und langfristig gesichert werden. Im Vordergrund stehen die eigendynamische Entwicklung der noch sehr naturnah erhaltenen Lebensräume und die Beseitigung naturferner Elemente und nutzungsbedingter Störeinflüsse.

Die Umsetzung der Projektziele und ihre dauerhafte Sicherung erfolgten im Kerngebiet im Wesentlichen durch Flächenerwerb. Darüber hinaus wurden einmalige biotoplenkende Maßnahmen durchgeführt. Hierzu zählten insbesondere: 

• die Wiedervernässung von Hoch- und Niedermooren,
• der Umbau in naturnahe Wälder und die Herstellung geschlossener Laubwaldmäntel,
• die Renaturierung von Fließgewässern,
• die Wiederherstellung von Tümpeln,
• die Extensivierung von Intensivgrünland und Acker,
• die Einrichtung großflächiger Weidelandschaften
• sowie die Anlage von Wallhecken und anderen Gebüschstrukturen.

Große Teile des Kerngebietes sind als Naturschutzgebiete ausgewiesen und als Fauna-Flora-Habitat-Gebiete sowie als Vogelschutzgebiet gemeldet.