Die Untere Havelniederung bildet zusammen mit den angrenzenden Niederungen das größte zusammenhängende Feuchtgebiet im Binnenland des westlichen Mitteleuropas. Seine überregionale und herausragende Bedeutung gewinnt das Gebiet durch seine Unzerschnittenheit und die noch jährlich auftretenden, großflächigen Überschwemmungen im Winter und Frühjahr. Entlang der etwa 90 Kilometer Flusslauf zwischen Pritzerbe und der Mündung in die Elbe finden sich hauptsächlich Wiesen und Weiden, naturnahe Flussufer und Altwasser, aber auch große Schilfröhrichte und Weidenwälder. Unter den etwa 1.000 nachgewiesenen, bedrohten und geschützten Arten, darunter mehr als 150 Brutvogelarten, finden sich z. B. Biber, Fischotter, Fischadler und Flussuferläufer.  

Die Hauptgefährdung des Gebietes geht vom derzeitigen Ausbauzustand der Havel, der Stauhaltung und der kritischen Nährstoffsituation aus. Das Ziel der naturnahen Entwicklung im Unterlauf der Havel und in Teilen der rezenten Aue auf einer Fließstrecke von ca. 86 Flusskilometern innerhalb des ca. 9.000 ha großen Kerngebiets soll schwerpunktmäßig durch wasserbauliche Rückbaumaßnahmen an der Havel und durch fließgewässerdynamische Prozesse erreicht werden. Dazu sind die Beseitigung von Uferdeckwerken mit einer Gesamtlänge von ca. 29 km, der Anschluss von 15 Altarmen, die Aktivierung von 49 Flutrinnen, die Entfernung von 17 Uferverwallungen, der Rückbau von 2 Deichen mit einer Polderfläche von etwa 500 ha, die Etablierung von 89 ha Auen- und Uferwald, eine an die Projektziele angepasste Gewässerunterhaltung, die Verbesserung des Wassermanagements (= Stauzieldynamisierung) und die Optimierung des Grünlandmanagements hinsichtlich naturschutzfachlicher Vorgaben vorgesehen. 

Die Renaturierung einer Bundeswasserstraße ist in Deutschland in dieser Dimension ohne vergleichbare Vorbilder und von beispielhafter und überregionaler Bedeutung. Naturschutzfachliche, verkehrliche und wasserwirtschaftliche Ansprüche werden abgestimmt und erstmalig in großem Stil bei der Renaturierung einer Bundeswasserstraße umgesetzt.