Der deutsche Teil dieser einzigartigen Sandbank umfasst mit einer Größe von 1.624 km² die auslaufenden Flanken der Doggerbank von 29 m bis etwa 40 m Tiefe. Aufgrund des FFH-Lebensraumtyps „Sandbänke“ ist er vollständig als FFH-Schutzgebiet gemeldet worden. Diese typische Sandbank mit meist schillreichen Feinsanden ist repräsentativ für das offene küstenferne Sublitoral.

Durch ihre Lage in der zentralen Nordsee und das Zusammentreffen unterschiedlicher Wassermassen stellt die Doggerbank eine biogeographische Scheide dar, mit Dominanz von kälteangepassten Benthosarten im Norden und wärmebevorzugenden Formen im Süden. Auf den sandigen Bereichen des Schutzgebietes siedelt eine besondere, küstenferne Ausprägung der Feindsand-Bodentiergemeinschaft, die Bathyporeia-Fabulina (Flohkrebs-Tellmuschel) -Gemeinschaft. Insgesamt sind im Doggerbank-Gebiet bislang ca. 38 Arten der deutschen Roten Listen ermittelt worden.

Durch die besondere Zirkulation (zum Beispiel Wirbelbildung) und die relativ geringe Wassertiefe der Doggerbank findet sogar bis in Bodennähe eine hohe biologische Produktion statt. Sie gewährleistet Fischpopulationen gute Wachstumsbedingungen und dient anderen Konsumenten wie Seevögeln und Meeressäugetieren als Nahrungsgrundlage.

Schweinswale und Seehunde wurden an der Doggerbank gesichtet, wobei letztere aufgrund der unzureichenden Datenlage z. Zt. lediglich als Nahrungsgast bezeichnet werden können. Die bei Flugzeugzählungen gesichteten Schweinswale, manche sogar mit Kälbern, gehören möglicherweise zur britischen Teilpopulation.