Zusammen mit ihren Auen sind Fließgewässer zentrale Achsen eines länderübergreifenden Biotopverbundes, Lebensraum für Pflanzen und Tiere sowie natürliche Hochwasserrückhalteräume. Sie erfüllen somit bedeutende Funktionen im Naturhaushalt. Die Fließstrecke aller Bäche und Flüsse in Deutschland beträgt insgesamt etwa 400.000 Kilometer. Die Gesamtlänge der Fließgewässer mit einem Einzugsgebiet größer 10 Quadratkilometer beträgt in Deutschland rund 142.000 Kilometer. Für diese Gewässer muss laut EG-Wasserrahmenrichtlinie das Ziel „guter ökologischer Zustand“ erreicht werden. Die kleinen Fließgewässer mit einem Einzugsgebiet kleiner 10 Quadratkilometer, auf die etwa zwei Drittel der Fließgewässerstrecke in Deutschland entfallen (LAWA 1995), spielen allerdings für den Naturhaushalt eine nicht minder wichtige Rolle.