Die geographische Mitte Mecklenburg-Vorpommerns wird maßgeblich durch die Mecklenburgische Seenplatte charakterisiert. Kleiner und Großer Varchentiner See im östlichen Teil der Seenlandschaft sind zwei der zahlreichen Binnengewässer im „Land der tausend Seen“. Die schilfumsäumten Wasserflächen des Vogelschutzgebietes bieten mit angrenzenden Feuchtgebieten, Mooren, Bächen, Wäldern und offenen Grünlandflächen einen bedeutenden Lebensraum für eine Vielzahl von Vogelarten. Hunderte Kraniche sind außerdem regelmäßige Gäste in dem Gebiet. Zusammen mit den nur wenigen Kilometern entfernten Naturparken Nossentiner/Schwinzer Heide, Mecklenburgische Schweiz und dem Nationalpark Müritz bildet der Varchentiner See einen großen Biotopverbund im Herzen Mecklenburg-Vorpommerns.