Die Alz hat sich im Alztal in einem etwa 1 km bis 2,5 km breiten Tal tief in die pleistozänen Sedimente eingeschnitten. Die fast durchgehend waldbestandenen Talränder sind sehr steil und fallen etwa 60 m bis 80 m zur flachen Talsohle ab. Auch entlang der Alz sind noch relativ ausgedehnte Flächen mit Wäldern bestockt. Die dominierende Ackernutzung reicht zum Teil aber auch bis an das Ufer der Alz heran.
Ein Großteil der freien Flur, selbst in der ehemaligen Auenstufe, wird ackerbaulich genutzt, wobei der Maisanbau überwiegt. Flußbauliche Maßnahmen sowie die anschließende industrielle und landwirtschaftliche Nutzung des Alztals verformten den Talraum bis heute in besonders starkem Maße. Durch die Flußkorrektion und einer Wasserableitung zur Energiegewinnung wurde die natürliche Flußdynamik zerstört und der Grundwasserspiegel abgesenkt. Problematisch sind weiterhin Siedlungen, die sich inmitten der Aue befinden und große Industriewerke, die sehr viel Abwasser produzieren
Trotz teilweise intensiver Nutzungen ist das Alztal ein Fließgewässerkomplex von landesweiter Bedeutung, in dem Wälder, Trockenstandorte, Feuchtgebiete sowie Fließ- und Stillgewässer eng miteinander verzahnt sind. In Trostberg befinden sich bundes- und landesweit bedeutsame Fledermausvorkommen, wie die größte in Deutschland bekannte Wochenstube der Wimpernfledermaus im Kirchturm und eine der beiden einzigen in Südbayern liegenden Wochenstuben der Großen Bartfledermaus. Als Schutzgebiete (EU-Vogelschutzgebiet, FFH-Gebiet und NSG) ausgewiesen sind noch naturnahe Abschnitte der Alz im Norden vor der Mündung in den Inn und im Süden nach dem Auslauf aus dem Chiemsee. Neben den ausgewiesenen Schutzgebieten, wurden weitere Flächen als national bedeutsame Flächen für den Biotopverbund erfasst.