Mit 43 km Länge ist die Schlei die längste und zugleich schmalste Ostseeförde. Charakteristisch sind die "Breiten", die durch Verengungen miteinander verbunden sind. Am Übergang zur Ostsee liegt eine ausgedehnte Strandwalllandschaft. Hier befinden sich vereinzelt Windwatten (vom Wind freigeblasene, im Normalfall vom Meerwasser bedeckte Sand- und Schlickflächen). In den Uferbereichen kommen alle Übergänge zwischen flachen Ufern mit Verlandungsbereichen, Übergängen von Salzwiesen zu Röhrichten und Feuchtwiesen bis hin zu verbuschten Steilufern vor.
Die Schleiregion ist ein wichtiges Erholungsgebiet in Schleswig-Holstein. Die Schlei gilt als eines der schönsten Segelreviere Deutschlands. Die angrenzenden Landflächen werden überwiegend ackerbaulich genutzt. Die Qualität des brackigen Wassers ist durch Nährstoffeinträge aus der Landwirtschaft und Siedlungen beeinträchtigt.
Die Schlei hat eine internationale Bedeutung für Wasservögel, hier können im Winter bis zu 30.000 Wasservögel gleichzeitig beobachtet werden, von denen die Reiherente die häufigste Art ist.