Das Tal der Mittleren Saale ist markant in die umgebenden Hochflächen der Saale-Elster-Sandsteinplatte und die Ilm-Saale-Kalkplatte eingetieft und führt den größten wasserreichsten und wasserwirtschaftlich wichtigsten Fluss Thüringens. Das Gebiet der Mittleren Saale beginnt mit der Talweitung bei Saalfeld und endet am Ballungsgebiet Jena. Das Saaletal ist bei Rudolstadt rund 180 m, bei Jena rund 240 m in die Hochfläche eingetieft. Der Waldanteil ist sehr gering. Es dominieren Ackerflächen mit eingeschalteten ländlichen Siedlungen.
Die Talauen werden überwiegend zum Anbau von Feldgemüse, Hopfen und Tabak und zum Teil als Grünland genutzt. An die Stelle des Weinbaus im Mittelalter ist der Anbau von Edelobst getreten.
Das LSG "Mittleres Saaletal" liegt zwischen Jena und Kahla. Die steilen, hellen und trockenwarmen Süd- und Westhänge der Wellenkalkstufe zeigen noch alle Übergänge von lichtem Steppenheidewald und der für diese Standorte typische Blaugrashalde. Hier ist eine reiche submediterrane und Waldsteppenflora vorhanden. Die Kalkhochflächen sind heute vielfach mit Schwarzkiefer aufgeforstet. Auf den Schotthängen stockt noch vorwiegend Buchenwald. Es besteht das Naturschutzprojekt "Orchideenregion Jena".