Die Moorlandschaft im südlichen Ammer-Loisach-Hügelland zählt zu den moorreichsten Gebieten ganz Mitteleuropas. Neben den noch ausgedehnten Mooren und Streuwiesen ist die eher waldarme Landschaft grünlanddominiert. Die Wälder sind teilweise durch Fichtenforste geprägt, es finden sich aber auch noch naturnahe Laub- und Mischwaldbestände. Durch den Ausbau der Isar wurde die Dynamik dieses Flusses stark eingeschränkt.
In der landwirtschaftlichen Nutzung nimmt die Grünlandnutzung eine Schlüsselrolle ein, wobei die vorherrschende Nutzungsform die Milchwirtschaft ist.
Ökologisch besonders wertvolle Bereiche bilden die ausgedehnten Moor- und Streuwiesengebiete, wie zum Beispiel die Ellbach - Kirchseemoore oder Teile des Murnauer Mooses. Diese sind teilweise EU-Vogelschutzgebiet und Naturschutzgebiet und gelten als zentrales Erhaltungsgebiet für die naturnahen Buchen - Tannen - Mischwälder der Moränenregion. Weitere bedeutende Gebiete sind die Moorlandschaft um Königsdorf oder die Loisach - Kochelseemoore (teilweise Naturschutzgebiete). Daneben findet sich noch eine große Anzahl kleiner, aber sehr wertvoller Moorflächen, die untereinander durch Verbundstrukturen in funktioneller Verbindung stehen. Die größtenteils als Naturschutzgebiet ausgewiesenen Auen entlang der Isar sind trotz der durch den Isarausbau eingeschränkten Flussdynamik eine der bedeutenden großflächigen Wildflusslandschaften Bayerns. Sie sind mit ihrer Vielfalt an auentypischen Vegetationsgesellschaften, insbesondere der ausgedehnten Schneeheide - Kiefernwälder von landesweiter Bedeutung. Außerhalb der bestehenden Schutzgebiete wurden weitere Flächen als national bedeutsam für den bundesweiten Biotopverbund erfasst.