Neben allgemeinen Schutzverpflichtungen der Parteien und einer Vorschrift über den Schutz von Lebensräumen enthält das Übereinkommen in seinem zentralen Kapitel konkrete Artenschutzbestimmungen. Nach diesen Vorschriften getroffene Maßnahmen sind zu koordinieren, wenn sie wandernde Tierarten betreffen. Es schließen sich ergänzende und organisatorische Vorschriften an.

Die ca. 700 Pflanzenarten des Anhangs I dürfen nicht beschädigt oder aus der Natur entnommen werden. Im Anhang gelistet sind z.B. die für Deutschland prioritären Anhang-II-Arten der FFH-Richtlinie Sand-Silberscharte (Jurinea cyanoides), Schierlings-Wasserfenschel (Oenanthe conioides) und Bayrisches Federgras (Stipa pulcherrima subsp. bavarica), außerdem Wassernuss (Trapa natans), Finger-Kuhschelle (Pulsatilla patens) sowie die Orchideen Sommer-Wendelähre (Spiranthes aestivalis) und Frauenschuh (Cypripedium calceolus). Ihre Lebensräume stehen unter strengem Schutz. Welcher Art die Habitatschutzmaßnahmen sind, bleibt den jeweiligen Unterzeichnerstaaten überlassen.

Für die etwa 710 Tierarten des Anhangs II, zu denen neben bekannten Arten wie Fischotter (Lutra lutra), Wolf (Canis lupus) und Braunbär (Ursus arctos) auch weniger bekannte wie der Dunkle Wiesenknopfameisenbläuling (Maculinea nausithous), der Apollo-Falter (Parnassius apollo) oder der Eremit (Osmoderma eremita) zählen, gelten strenge Artenschutzvorschriften. Sie dürfen weder gestört noch gefangen, getötet oder gehandelt werden. Insofern ergänzt das Berner Übereinkommen völkerrechtlich das Washingtoner Artenschutzabkommen, welches lediglich die Regelung des grenzüberschreitenden Handels zum Gegenstand hat.

Anhang III enthält, ähnlich der EG-Vogelschutzrichtlinie, solche Tierarten, die zwar schutzbedürftig sind, aber im Ausnahmefall bejagt oder in anderer Weise genutzt werden dürfen. Auch die Verbote bestimmter Jagdmethoden und -einrichtungen (Anhang IV) sind weitgehend mit den Vorschriften der Vogelschutzrichtlinie sowie der FFH-Richtlinie identisch.