Mit seiner vollständigen Ausprägung der subalpinen und alpinen Vegetationseinheiten in den bayerischen Alpen ist das Naturschutzgebiet Allgäuer Hochalpen das artenreichste Gebirge Deutschlands. Es beinhaltet das Zentrum des Bergahorn-Buchenwaldes in Deutschland und Schwerpunktvorkommen von Schlucht- und Blockwäldern. Als eines der größten Naturschutzgebiete Deutschlands bietet es außerdem Vorkommen charakteristischer alpiner Vogelarten, wie dem vom Aussterben bedrohten Birkhuhn, in überlebensfähigen Beständen und dem Alpenschneehuhn.