Die Ziele der Strategie für Flüsse und Auen sind u. a. die Vergrößerung der Rückhalteflächen an den Flüssen, die Wiederherstellung naturnaher Gewässer und Auen, die Verbesserung grundwasserabhängiger Ökosysteme und die Förderung einer naturverträglichen Erholung. Diese Ziele können am besten durch eine Zusammenarbeit von Naturschutz und Wasserwirtschaft erreicht werden und dabei zudem weitere Synergien, etwa für den Hochwasser- und Klimaschutz bewirken.